Το Γυμνάσιο Νέας Μεσημβρίας χτίστηκε το 1960 με δωρεά της Ζωής και του Κυριάκου  Δαμάσκου, οι οποίοι κατάγονταν από τη Μεσημβρία της Ανατολικής Ρωμυλίας και ήταν κάτοικοι των Η.Π.Α. Ήταν από τα πρώτα δημόσια Γυμνάσια της ευρύτερης περιοχής.

Στο αρχικό κτήριο που έγινε με την δωρεά του ζεύγους Δαμάσκου έγιναν προσθήκες και μεταβολές, με αποτέλεσμα να προκύψει το σημερινό συγκρότημα Γυμνασίου - Λυκείου, το οποίο εξυπηρετεί τα παιδιά της Νέας Μεσημβρίας και των γειτονικών χωριών της Νέας Αγχιάλου και του Ξηροχωρίου.

Αρχικά λειτουργούσε ως εξατάξιο γυμνάσιο και αργότερα το 1980 με την τότε εκπαιδευτική μεταρρύθμιση χωρίστηκε σε τριτάξιο γυμνάσιο και τριτάξιο λύκειο.

Στο κτήριο του λυκείου περιλαμβάνονται και τα πρώτα κτήρια της δωρεάς του ζεύγους Δαμάσκου. Ως εκ τούτου το σχολείο μας είναι παλιό και έχει αρκετά προβλήματα. Όμως είναι το σχολείο μας και το αγαπάμε και προσπαθούμε να το βελτιώνουμε συνεχώς. Αρωγούς στην προσπάθεια αυτή έχουμε διαχρονικά τον σύλλογο γονέων και κηδεμόνων καθώς και τον πρόεδρο του χωριού κον Μασκαλίδη αλλά και τους άλλους πριν από αυτόν. Το υψηλό επίπεδο μαθησιακής επάρκειας των μαθητών μας το μαρτυρούν οι επιτυχίες που έχουν κάθε χρόνο στις πανελλαδικές εξετάσεις. Ενδεικτικά πέρσι πέρασαν στη τριτοβάθμια εκπαίδευση οι 23 από τους 25 μαθητές του λυκείου της Νέας Μεσημβρίας, που σήμερα ονομάζεται 2^ο ΓΕΛ Αγίου Αθανασίου.

Το 1997 ψηφίστηκε ο νόμος 2539/1997, γνωστότερος ως Πρόγραμμα «Ιωάννης Καποδίστριας». Σύμφωνα με αυτόν τον νόμο η ως τότε ανεξάρτητη κοινότητα Νέας Μεσημβρίας εντάχθηκε στον καποδιστριακό δήμο του Αγίου Αθανασίου. Τότε μετονομάστηκε το ΓΕΛ Νέας Μεσημβρίας σε 2^ο ΓΕΛ Αγίου Αθανασίου. Το 2011 με τον νόμο 3852/2010, επανακαθορίστηκαν τα όρια των αυτοδιοικητικών μονάδων (ΟΤΑ), έτσι σήμερα η Νέα Μεσημβρία ανήκει στον καλλικρατικό δήμο της Χαλκηδόνας στην δημοτική ενότητα του Αγίου Αθανασίου.