Η ίδρυση της βιβλιοθήκης μας εντάσσεται στο πλαίσιο του Επιχειρησιακού Προγράμματος “Εκπαίδευση & Αρχική Επαγγελματική Κατάρτιση” ενέργεια “Σχολικές βιβλιοθήκες “(ΕΠΕΑΕΚ 1.3.γ &1.4.) του ΥΠΕΠΘ, με την οποία σχεδιάστηκε η ίδρυση και λειτουργία 500 Σχολικών βιβλιοθηκών σε σχολεία της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης με ισόρροπη γεωγραφική κατανομή σε όλη τη χώρα.
Η βιβλιοθήκη του σχολείου μας εντάχτηκε στο πρόγραμμα “ΠΕΛΛΑ”. Το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, ως φορέας υλοποίησης του προγράμματος, προχώρησε στη διαμόρφωση του χώρου , την προμήθεια και εγκατάσταση του απαραίτητου εξοπλισμού για την εύρυθμη λειτουργία της .
Η Σχολική Βιβλιοθήκη του 2ου ΓΕ.Λ Αγίου Αθανασίου λειτούργησε τον Σεπτέμβριο του 2000, όταν η επωνυμία του σχολείου ήταν: Ενιαίο Λύκειο Νέας Μεσημβρίας
Οργανικά ανήκει στο Λύκειο, υποστηρίζει όμως και εξυπηρετεί και το συστεγαζόμενo 2o Γυμνάσιο Αγίου Αθανασίου.
Μέλη της βιβλιοθήκης είναι όλοι οι μαθητές του Γυμνασίου & του Γενικού Λυκείου καθώς και οι εκπαιδευτικοί που υπηρετούν στα σχολεία αυτά.
Όλα τα μέλη παραμένουν “ενεργά” για όσο χρονικό διάστημα φοιτούν ή εργάζονται (εκπ/κοί) στα παραπάνω σχολεία